1958年至1959年底，成立原江浦县气候观测点，属县水土保持站。1960年1月1日，成立“江浦县农业气象站”，行政上由农业局代管，业务领导属南京市气象科。1962年6月6日，江浦县行政区域划归扬州市，业务领导属扬州市气象台。1966年4月，江浦县行政区域划归六合地区，业务领导属六合中心气象站。1971年3月，六合中心气象站撤销，业务领导属扬州市气象局。1974年7月，江浦县行政区域划归南京市，业务领导属江苏省气象局。1981年4月，成立“江浦县气象局”，实行局站合一，一个单位、两块牌子。1983年2月，业务、财务归扬州市气象局领导。1984年3月，“江浦县气象局”更名为“江浦县气象站”。1991年1月，重新启用“江浦县气象局”名称。1993年7月，江浦县气象局划归南京市气象局管理。2002年5月26日，原浦口区和原江浦县合并为新浦口区，江浦县气象局更名为“南京市浦口区气象局”，隶属关系和人员组成未变。

　　浦口区气象局内设办公室、气象台两个科室，浦口区防雷减灾办公室、华云气象科技信息中心两个直属单位。